virus
Ilustrasi, Virus.

Bhataramedia.com – Para peneliti dari Boston College, AS, telah mengungkapkan penyebaran global kelompok kuno dari retrovirus yang mempengaruhi sekitar 28 dari 50 nenek moyang mamalia modern, sekitar 15 sampai 30 juta tahun yang lalu.

Retrovirus jumlahnya melimpah di alam dan termasuk human immunodeficiency viruses (HIV-1 dan -2) dan virus T-cell leukemia manusia. Temuan para ilmuwan tentang kelompok tertentu virus yang disebut ERV-Fc tersebut, akan diterbitkan di jurnal eLife. Penelitian ini menunjukkan bahwa virus ini mempengaruhi berbagai host (inang), termasuk spesies yang beragam seperti karnivora, tikus dan primata.

Distribusi ERV-Fc di antara mamalia kuno menunjukkan virus menyebar ke setiap benua kecuali Antartika dan Australia, dan virus ini melompat dari satu spesies ke spesies lain lebih dari 20 kali.

Studi ini juga menempatkan asal-usul ERV-Fc kembali pada awal zaman Oligosen, periode perubahan global yang dramatis antara lain ditandai dengan pendinginan iklim yang menyebabkan Zaman Es. Hamparan luas padang rumput muncul di sekitar waktu ini, bersama dengan mamalia besar sebagai fauna yang mendominasi dunia.

“Virus telah bersama kita selama miliaran tahun, dan ada dimana-mana. Oleh karena itu virus memiliki dampak yang signifikan pada ekologi dan evolusi semua organisme, dari bakteri hingga manusia,” kata rekan penulis, Welkin Johnson, Profesor Biologi di Boston College, tempat timnya melakukan penelitian.

“Sayangnya, virus tidak meninggalkan fosil, artinya kita hanya mengetahui sedikit tentang bagaimana mereka berasal dan berkembang. Namun, selama jutaan tahun, urutan genetik virus menumpuk di genom DNA dari organisme hidup, termasuk manusia, dan dapat bertindak sebagai molekul ‘fosil’ untuk menjelajahi sejarah alami dari virus dan host mereka.”

Dengan menggunakan sisa-sisa “fosil” tersebut, tim peneliti berusaha untuk mengungkap sejarah alami dari ERV-Fc. Mereka terutama ingin tahu di mana dan kapan patogen ini ditemukan di dunia kuno, spesies mana yang diinfeksi, dan bagaimana mereka beradaptasi dengan mamalia yang mereka tumpangi.

Untuk melakukan ini, mereka pertama kali melakukan pencarian lengkap dari database urutan genom mamalia untuk lokus ERV-Fc dan kemudian membandingkan urutan yang telah dipulihkan. Untuk setiap genom dengan urutan ERV-Fc yang cukup, mereka merekonstruksi urutan protein yang mewakili virus yang menginfeksi nenek moyang dari spesies tertentu. Urutan ini kemudian digunakan untuk menyimpulkan sejarah alami dan hubungan evolusi virus ERV-Fc.

Penelitian ini juga memungkinkan tim untuk menentukan pola perubahan evolusioner di dalam gen dari virus ini, yang mencerminkan adaptasi mereka untuk berbagai jenis host mamalia.

Mungkin yang paling menarik, para peneliti menemukan bahwa virus ini sering bertukar gen dengan satu sama lain dan dengan virus lain. Hal ini menunjukkan bahwa rekombinasi genetik memainkan peran penting dalam keberhasilan evolusi mereka.

“Genom mamalia berisi ratusan ribu fosil virus purba yang mirip dengan ERV-Fc,” kata penulis William E. Diehl dari University of Massachusetts.

“Tantangannya sekarang adalah menggunakan urutan virus kuno untuk melihat kembali waktu, yang terbukti penting untuk memprediksi konsekuensi jangka panjang dari infeksi virus yang baru muncul. Sebagai contoh, kita berpotensi menilai dampak HIV pada kesehatan manusia 30 juta tahun dari sekarang. Metode ini akan memungkinkan kita untuk lebih memahami kapan dan mengapa virus baru muncul dan berapa lama jangka kontak dengan mereka berdampak terhadap evolusi organisme inang,” kata William, seperti dilansir eLife (08/03/2016).

Referensi Jurnal :

William E Diehl, Nirali Patel, Kate Halm, Welkin E Johnson. Tracking interspecies transmission and long-term evolution of an ancient retrovirus using the genomes of modern mammals. eLife, 2016; 5 DOI: 10.7554/eLife.12704.

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here